Quy định này có nhiều vấn đề mà các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực xuất nhập khẩu phải chú ý.

Theo đó, hàng hóa nhập khẩu qua kiểm tra hải quan được phân thành 4 luồng.

Hàng hóa luồng 1 gồm hàng hóa nhập khẩu là tài liệu, chứng từ thương mại, hàng hóa được hưởng chế độ ưu đãi miễn trừ theo quy định của pháp luật, hàng hóa không phải nộp thuế; hàng hóa luồng này được miễn kiểm tra thực tế hàng hóa.

Hàng hóa luồng 2 gồm hàng hóa nhập khẩu phải nộp thuế có giá trị khai báo đến 01 triệu đồng Việt Nam; hàng hóa luồng này cũng được miễn kiểm tra thực tế hàng hóa.
Hàng hóa luồng 3 bao gồm hàng hóa nhập khẩu phải nộp thuế, có giá trị khai báo trên 01 triệu đồng đến 10 triệu đồng Việt Nam. Hàng hóa luồng này thực hiện kiểm tra thực tế 100% hàng hóa bằng thiết bị máy soi hàng.

Hàng hóa luồng 4 bao gồm hàng hóa nhập khẩu thuộc danh mục quản lý chuyên ngành, hàng hóa nhập khẩu có điều kiện, hàng hóa nhập khẩu phải nộp thuế có giá trị khai báo trên 10 triệu đồng Việt Nam, hàng hóa nhập khẩu là mặt hàng thuộc diện kiểm tra trọng điểm theo quy định của cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành, hàng hóa chưa xác định được nội dung khai báo hải quan, hàng hóa có nghi ngờ về giá trị khai báo theo quy định của pháp luật; hàng hóa luồng này thực hiện kiểm tra thực tế 100% hàng hóa bằng biện pháp thủ công.

Riêng đối với hàng hóa nhập khẩu theo loại hình đầu tư, gia công, sản xuất xuất khẩu, kinh doanh thì việc kiểm tra thực tế hàng hóa thực hiện theo quy định riêng của từng loại hình hàng hóa nhập khẩu.

Cũng theo quy định mới của Tổng cục Hải quan, hàng hóa xuất khẩu nếu là tài liệu, chứng từ thương mại thì sẽ được hưởng chế độ ưu đãi miễn trừ theo quy định của pháp luật, hàng hóa không phải nộp thuế được phân luồng hàng hóa và kiểm tra hải quan tương tự như hàng hóa luồng 1 nêu trên.

Nếu hàng hóa xuất khẩu là hàng hóa phải nộp thuế, hàng hóa thuộc danh mục quản lý chuyên ngành, hàng hóa xuất khẩu có điều kiện, hàng hóa xuất khẩu là mặt hàng thuộc diện kiểm tra trọng điểm theo quy định của cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành thì thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa bằng thiết bị máy soi hàng.