Theo Điều 35, Nghị định số 105/NĐ-CP, các cơ quan sau đây có thẩm quyền tiếp nhận đơn yêu cầu kiểm soát hoàng hoá xuất, nhập khẩu :

- Chi cục hải quan có thẩm quyền tiếp nhận đơn yêu cầu áp dụng biện pháp kiểm tra, giám sát hoặc tạm dừng làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu thuộc thẩm quyền quản lý của chi cục hải quan đó ;

- Cục Hải quan tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có thẩm quyền tiếp nhận đơn yêu cầu áp dụng các biện pháp kiểm tra, giám sát hoặc tạp dừng làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu thuộc quyền quản lý của chi cục hải quan đó ;

-Tổng cục Hải quan có thẩm quyền tiếp nhận đơn yêu cầu áp dụng biện pháp kiểm tra, giám sát hoặc tạm dừng làm thủ tục hải quan tại các cửa khẩu thuộc thẩm quyền quản lý từ hai Cục Hải quan tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương trở lên.