Ngày 04 tháng 8 năm 2017, Bộ trưởng Bộ Công Thương ban hành Quyết định số 3044/QĐ-BCT về việc áp dụng biện pháp tự vệ tạm thời đối với phân bón DAP và MAP nhập khẩu vào Việt Nam với mức thuế là 1.855.790 đồng/tấn. Biện pháp này có hiệu lực từ ngày 19/8/2017 đến ngày 06/3/2018.

Ngày 02 tháng 3 năm 2018, Bộ trưởng Bộ Công Thương ban hành Quyết định số 686/QĐ-BCT về việc áp dụng biện pháp tự vệ chính thức đối với sản phẩm phân bón DAP và MAP nhập khẩu vào Việt Nam với mức thuế tự vệ chính thức là 1.128.531 đồng/tấn. Biện pháp này có hiệu lực từ ngày 07/3/2018.

Căn cứ khoản 7 Điều 20 của Pháp lệnh về tự vệ (Pháp lệnh số 42/2002), trong trường hợp thuế tự vệ chính thức thấp hơn so với thuế tự vệ tạm thời, khoản chênh lệch thuế đó được hoàn trả cho người nộp thuế theo quy định của pháp luật.

Căn cứ khoản 2, khoản 3 và khoản 4 Điều 12 của Nghị định 150/2003 hướng dẫn Pháp lệnh về tự vệ, khoản chênh lệch thuế được hoàn trả như sau:
- Khoản chênh lệch thuế sẽ được hoàn trả trong vòng 30 ngày, kể từ ngày Bộ trưởng Bộ Công Thương ban hành quyết định áp dụng biện pháp tự vệ;
- Không trả lãi suất đối với khoản chênh lệch thuế đã nộp;
- Bộ Tài chính có trách nhiệm tiến hành các thủ tục hoàn thuế theo quy định của pháp luật hiện hành trên cơ sở quyết định của Bộ Công Thương.

Trong vụ việc này, do mức thuế tự vệ chính thức là 1.128.531 đồng/tấn, thấp hơn 727.259 đồng/tấn so với mức thuế tự vệ sơ bộ (1.855.790 đồng/tấn) nên khoản chênh lệch thuế này sẽ được hoàn lại đối với các lô hàng đã nộp thuế tự vệ tạm thời theo quy định.

Để triển khai thực hiện việc hoàn thuế nêu trên, ngày 05 tháng 3 năm 2018, Bộ Công Thương đã có công văn số 1682/BCT-PVTM gửi Tổng cục Hải quan đề nghị Tổng cục Hải quan sớm có hướng dẫn các cơ quan hải quan địa phương về việc hoàn trả tiền thuế tự vệ sau khi quyết định chính thức đối với mặt hàng phân bón DAP và MAP có hiệu lực.

Trên cơ sở đó, Tổng cục Hải quan vừa có công văn gửi cục hải quan các tỉnh, thành phố hướng dẫn thực hiện hoàn trả thuế tự vệ đối với phân bón DAP và MAP nhập khẩu theo các thủ tục hoàn trả tiền thuế nộp thừa theo quy định tại điểm b khoản 5 Điều 39 Thông tư 38/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính.

Cục Phòng vệ thương mại đề nghị các doanh nghiệp đã nộp thuế tự vệ tạm thời liên hệ cục hải quan các tỉnh, thành phố để được hoàn trả khoản chênh lệch về thuế theo quy định pháp luật.

Trong quá trình thực hiện có khó khăn vướng mắc, đề nghị các doanh nghiệp gửi công văn cho Tổng cục Hải quan (Bộ Tài chính) hoặc Cục Phòng vệ thương mại (Bộ Công Thương) để được xử lý.