Những quy tắc GATT về trợ cấp quy định trong điều XVI được làm rõ và nêu chi tiết tại Hiệp định về trợ cấp và các biện pháp đối kháng (SCM) và Hiệp định nông nghiệp. Nói rộng ra, các điều khoản của Hiệp định SCM áp dụng cho các sản phẩm công nghiệp; còn các điều khoản của Hiệp định nông nghiệp áp dụng cho các sản phẩm nông nghiệp.

Hiệp định SCM thừa nhận rằng chính phủ dung các khoản trợ cấp để đạt những mục đích chính sách khác nhau. Tuy nhiên, Hiệp định hạn chế quyển của chính phủ trợ cấp tác động bóp méo thương mại. Những quy tắc của Hiệp định là phức tạp.

Hiệp định phân chia trợ cấp thành trợ cấp bị cấm và trợ cấp được chấp nhận. Trợ cấp bị cấm bao gồm cả trợ cấp xuất khẩu.Trước đây, quy tắc chông việc sử dụng trợ cấp xuất khẩu đối với các sản phẩm công nghiệp chỉ áp dụng ở những nước phát triển; nay Hiệp định mở rộng quy tắc này sang các nước đang phát triển. Các nước đang phát triển có thời kỳ quá độ 8 năm để chuyển thực hành trợ cấp cho phù hợp với nguyên tắc. Trong thời kỳ này, các nước này không được tăng mức trợ cấp xúât khẩu. Quy tắc nói trên chống dung trợ cấp xuất khẩu không áp dụng cho những nước chậm phát triển và đang phát triển có mức GNP tính theo đầu người thấp hơn 1000 USD.

Mọi khỏan trợ cấp không bị cấm coi là được chấp nhận. Các khoản trợ cấp được chấp nhận chia làm hai loại: Trợ cấp có thể khiếu kiện và trợ cấp không thể khiếu kiện.

Hiệp định nêu ra hai hình thức chế tài khi trợ cấp của chính phủ gây ra “những tác động xấu” tới lợi ích thương mại của những nước khác.

Khi những tác động xấu đó gây tổn hại vật chất đối với ngành sản xuất trong nước của nước nhập khẩu, Hiệp định cho phép nước này đánh thuế đối kháng để cân bằng trợ cấp. Các khoản thuế như vậy chỉ được áp dụng sau khi điều tra kỹ lưỡng, các cơ quan có thẩm quyền điều tra thỏa mãn rằng có mối liên hệ nhân quả giữa nhập khẩu được trợ cấp với thiệt hại vật chất cho ngành sản xuất liên quan. Hơn nữa, những cuộc điều tra như vậy thông thường chỉ được khởi sự trên cơ sở ngành sản xuất bị tác động kiến nghị rằng việc nhập khẩu đang gây thiệt hại cho họ.

Lần lượt như vậy, cả trường hợp khi có những thiệt hại nghiêm trọng đối với ngành sản xuất trong nước lẫn cả trường hợp có những tác động ngược lại khác, nước nhập khẩu có thể đưa vấn đề ra trước Cơ quan giải quyết tranh chấp (DSB) để đảm bảo nước áp dụng trợ cấp rút bỏ hoặc điều chỉnh tác động đang gây ra.

Chính phủ áp dụng trợ cấp nhằm đạt những mục tiêu chính sách khác nhau. Vì vậy, có thể sẵn sang thực hiện trợ cấp để thúc đẩy sự phát triển những ngành sản xuất mới; để khuyến khích đầu tư và thiết lập các ngành công nghiệp trong những vùng lạc hậu trong nước; để hỗ trợ các ngành sản xuất phát triển xuất khẩu; để cải thiện cơ sở hạ tầng sản xuất nông nghiệp và bảo đảm thu nhập hợp lý cho nông dân.

Những quy tắc GATT chi phối sử dụng trợ cấp là phức tạp, đối với nông sản thường khác với công nghệ phẩm. Những điều khoản chủ yếu của GATT về trợ cấp được nêu chi tiết trong Hiệp định trợ cấp và các biện pháp đối kháng (SCM), và trong Hiệp định nông nghiệp. Trừ một vài ngoại lê, những điều khoản của Hiệp định SCM áp dụng cho công nghệ phẩm; những điều khoản của Hiệp định nông nghiệp chi phối nông phẩm. Những quy tắc của Hiệp định SCM đựơc mô tả trong chương này, còn chương 15 dành cho nông nghiệp.