Về cách thức thực hiện tự do hoá thương mại, giữa WTO và AEC đều có những điểm khá giống nhau.

Thứ nhất, các quy định về tự do hoá thương mại đều được ghi nhận trong các văn bản chung, thống nhất, áp dụng cho tất cả các thành viên và các thành viên có nghĩa vụ tuân thủ các quy định chung nhất này. Đối với WTO, đó là các văn bản: – Hiệp định chung về thuế quan và thương mại 1994 (GATT); Hiệp định về nông nghiệp; Hiệp định về việc áp dụng các biện pháp vệ sinh và kiểm dịch động thực vật; Hiệp định về hàng dệt may; Hiệp định về các hàng rào kỹ thuật đối với thương mại, Hiệp định về các biện pháp tự vệ...

Đối với AEC, đó là Hiệp định ATIGA – là sự kế thừa và hợp nhất các quy định trước định của các văn bản trước đó về Khu vực thương mại tự do ASEAN (bao gồm Hiệp định khung về tăng cường hợp tác kinh tế thành lập AFTA, Hiệp định về chương trình ưu đãi thuế quan CEPT và 13 Nghị định thư sửa đổi và bổ sung hai Hiệp định trên) và Hiệp định khung về hội nhập các ngành ưu tiên (APIS). Đây đều là những hiệp định khung, quy định cụ thể về quyền, nghĩa vụ của các thành viên trong việc cắt giảm thuế quan và dỡ bỏ hàng rào phi thuế quan cũng như lộ trình để thực hiện. Ví dụ: biện pháp bảo hộ thương mại cổ điển nhất là thuế quan thì đã được WTO yêu cầu phải cắt giảm. Các thành viên WTO đều phải cam kết không tăng thuế vượt mức đã cam kết đối với phần lớn các mặt hàng trong biểu thuế nhập khẩu. Cam kết này được gọi là cam kết "ràng buộc thuế quan". Điều 2 GATT 1994 quy định các mức cố định tối đa của thuế nhập khẩu được áp dụng đối với các sản phẩm nhập khẩu từ các thành viên WTO khác. Về biện pháp phi thuế quan, Điều 11 của GATT 1994 – là trụ cột quan trọng thứ tư trong GATT 1994 quy định các hạn chế thương mại không được áp đặt dưới hình thức hạn ngạch hoặc các hạn chế số lượng đối với hàng nhập khẩu, trừ khi đáp ứng một trong những ngoại lệ cụ thể được quy định ở các Điều XI, XX hoặc XXI của GATT 1994 . Điều này có nghĩa là, trên thực tế các thành viên phải loại bỏ các hạn chế, các hạn ngạch xuất nhập khẩu, các yêu cầu cấp phép có hệ quả hạn chế số lượng mà các công ty có thể nhập khẩu hoặc xuất khẩu và bất kỳ sự kiểm soát nào khác có tác động đến việc hạn chế hàng nhập khẩu hoặc xuất khẩu. Còn đối với AEC, các nước ASEAN trong năm 1992, đã ký Hiệp định về thuế quan ưu đãi có hiệu lực chung gọi tắt là CEPT với thoả thuận chung giữa các nước thành viên ASEAN về giảm thuế quan trong nội bộ ASEAN xuống còn từ 0-5%, đồng thời loại bỏ tất cả các hạn chế về định lượng và các hàng rào phi quan thuế trong vòng 10 năm, bắt đầu từ 1/1/1993 và hoàn thành vào 1/1/2003. Đây là thời hạn đã có sự đẩy nhanh hơn so với thời hạn ký Hiệp định ban đầu: từ 15 năm xuống còn 10 năm. Đối với rào cản phi thuế quan, lộ trình hội nhập của ASEAN quy định rằng các Rào cản Phi Thuế quan cần phải được loại bỏ vào năm 2010 đối với ASEAN – 6 và năm 2015/2018 đối với các nước Campuchia, Lào, Myanma và Việt Nam.

Thứ hai, dựa trên các quy định chung như trên, các quốc gia thành viên tự xây dựng và thực hiện theo lộ trình, cam kết riêng của quốc gia mình. WTO quy định các nước thành viên phải thông qua đàm phán, đưa ra các cam kết với những lộ trình thực hiện cụ thể. Việc các nước thành viên thoả thuận mở cửa thị trường hàng hoá hoặc dịch vụ đồng nghĩa với việc ràng buộc các cam kết về việc thâm nhập thị trường nội địa. Trong lĩnh vực hàng hoá, sự ràng buộc đó thể hiện ở việc ấn định tổng mức thuế suất thuế quan cam kết trần. Phương pháp đánh thuế quan của tổ chức WTO cũng hướng tới con số thuế quan xuống đến mức thấp nhất. WTO cũng phân chia các loại hàng hóa thành những mặt hàng khác để đánh thuế theo hàng hóa và hướng tới mục tiêu khuyến khích cho các nước đang phát triển tham gia nhập tổ chức này và nhận được những ưu đãi so với những nước có nền kinh tế phát triển. Việc đánh thuế quan hiện nay là do pháp luật của các nước điều chỉnh về thuế trong quá trình xuất – nhập khẩu sao cho phù hợp với nội dung về thuế mà WTO đưa ra. Các thành viên tham gia WTO cần phải tuân theo các nguyên tắc như đối xử quốc gia, tự do thương mại.

Đối với AEC, trong số danh mục hàng hóa cắt giảm thuế mà Hiệp định CEPT đưa ra, các thành viên có quyền tự quyết định lựa chọn danh mục hàng hóa cắt giảm thuế của quốc gia mình và đưa ra lộ trình phù hợp với quy định chung. Việc lựa chọn danh mục hàng hóa của quốc gia phải được Hội đồng AFTA chấp nhận.

Thứ ba, tuân thủ các cam kết chung đạt được qua các vòng đàm phán. Trong khuôn khổ hợp tác, các quốc gia thành viên tiến hành các vòng đàm phán nhằm đưa ra các lộ trình mới trong nội dung tự do hoá thương mại hàng hoá. Đối với AEC, sau khi hoàn thành các nghĩa vụ trong CEPT, các quốc gia đã thoả thuận ký kết Hiệp định ATIGA nhằm đưa ra lộ trình cụ thể cho việc tự do hoá thương mại có những quy định rõ ràng hơn CEPT Như vậy, về nội dung cơ bản thì WTO và AEC đều giống nhau về phương thức thực hiện tự do hoá thương mại hàng hoá.

Về mặt cơ bản thì AEC sử dụng ba loại văn bản để ràng buộc các nước thành viên đó là các hiệp định khung, cam kết của các thành viên và kết quả của các vòng đàm phán. Còn trong WTO thì phức tạp hơn một chút, còn có thêm một loại văn bản nữa là cam kết gia nhập của các thành viên WTO, cam kết mở cửa thị trường thương mại hàng hóa được thực hiện thông qua việc cắt giảm thuế nhập khẩu và loại bỏ hàng rào phi quan thuế cản trở thương mại. Ví dụ: Về cam kết giảm thuế nhập khẩu khi gia nhập WTO, VN đồng ý ràng buộc mức trần cho toàn bộ biểu thuế (l0.600 dòng) và chỉ có ý nghĩa so sánh đơn giản và hết sức khái quát.

Nếu như đánh giá một cách chung nhất về mức độ tự do hóa thương mại hàng hóa giữa AEC và WTO thì chúng ta có thể đưa ra nhận xét rằng, trong AEC mức độ tự do hóa là sâu và rộng hơn khá nhiều so với WTO. Đối với WTO thì các loại hàng hóa đã được cắt giảm thuế chủ yếu vẫn nằm ở nhóm hàng công nghiệp, còn đối với nhóm hàng nông nghiệp thì vẫn tiếp tục là nhóm hàng cần được cắt giảm thuế dần dần. Nhưng trong AEC thì việc cắt giảm thuế được thực hiện ở hầu hết các loại hàng hóa – kể cả công nghiệp lẫn nông nghiệp. Ngoài ra, trong AEC thì mức thuế mà các quốc gia thành viên hướng tới cho các mặt hàng là giảm xuống còn từ 0% – 5%.

Thừa nhận rằng, AEC là các nền kinh tế "cộng" chứ không phải là một thực thể kinh tế đơn nhất, phương thức hợp tác của AEC vẫn là phương thức liên chính phủ và ra quyết định theo nguyên tắc đồng thuận, nhưng quan hệ kinh tế giữa các thành viên trong AEC vẫn còn rất hạn chế.

Phân tích như trên để thấy rằng, mặc dù mục tiêu của AEC và WTO đều là nhằm xóa bỏ những rào cản đối với tự do thương mại hàng hóa, nhưng về phương thức và mức độ tự do hóa là rất khác nhau. Điều này có thể giải thích là, do tính chất quy mô của hai tổ chức này khác nhau. Đối với một tổ chức lớn như WTO thì một lộ trình chung của nó có thể tác động đến rất nhiều quốc gia trên thế giới, đồng thời để đạt được sự đồng thuận trong các vòng đàm phán là rất khó khăn. Điều này là trái ngược với AECvới bao gồm chỉ 10 thành viên...