Ngày 25/4/2009, Kỳ họp thứ 5 Ủy ban Hỗn hợp về Hợp tác Kinh tế, Khoa học và Kỹ thuật giữa Việt Nam và Indonesia đã diễn ra tại TP Hồ Chí Minh.
Trong bài phát biểu khai mạc, Bộ trưởng Bộ Công Thương Vũ Huy Hoàng đã nhiệt liệt hoan nghênh Bộ trưởng Thương mại và các thành viên trong đoàn Indonesia. Bộ trưởng đã tóm tắt quan hệ thương mại song phương gần đây giữa hai nước cũng như quan hệ hợp tác khu vực. Bộ trưởng hài lòng ghi nhận những tiến bộ và thành tựu trong quan hệ thương mại song phương giữa Indonesia và Việt Nam và khuôn khổ hợp tác đa phương, đặc biệt, ASEAN và APEC.

Bộ trưởng Thương mại Indonesia đã điểm lại kết quả quan hệ thương mại song phương giữa hai nước. Bộ trưởng bày tỏ hy vọng rằng sau kỳ họp này quan hệ kinh tế, thương mại sẽ được tăng cường hơn nữa vì lợi ích của cả hai nước.
Quan hệ Việt Nam - Indonesia trên các mặt, cả song phương và đa phương đang phát triển tốt đẹp. Hai nước ủng hộ nhau trên các diễn đàn quốc tế, khu vực, nhất là trong khuôn khổ hợp tác ASEAN. Indonesia đánh giá cao vai trò của Việt Nam trong ASEAN, coi Việt Nam là một trong những nước có ảnh hưởng lớn trong nội khối mà Indonesia cần tranh thủ. Kể từ sau Kỳ họp 4 (4/2007 tại Jakarta) Ủy ban hỗn hợp hai nước, quan hệ hợp tác song phương trên các lĩnh vực kinh tế, khoa học kỹ thuật đã đạt được những kết quả đáng kể.

Kim ngạch thương mại hai chiều giữa hai nước năm 2007 đạt 2,459 tỷ USD. Trong đó, Việt Nam xuất khẩu 1,105 tỷ USD, tăng 15,3% so với năm 2006; nhập khẩu 1,354 tỷ USD, tăng 33,8%. Năm 2008 kim ngạch hai chiều đạt 2,522 tỷ USD, tăng 2,6% so với năm 2007. Trong đó, Việt Nam xuất khẩu 793 triệu USD, giảm 28,2% so với năm 2007; nhập khẩu 1,729 tỷ USD, tăng 27,7%.

Trong khuôn khổ hợp tác 3 bên về dầu khí (Việt Nam, Indonesia và Malaysia), Tập đoàn Dầu khí PetroVietnam (Việt Nam), Pertamina (Indonesia) và Petronas (Malaysia) đang hợp tác triển khai thăm dò và khai thác có hiệu quả.

Tại kỳ họp, Trưởng đoàn hai nước và các đại biểu tham dự đã thảo luận một số vấn đề hợp tác song phương nhằm tăng cường hơn nữa quan hệ hợp tác hữu nghị hai bên cùng có lợi trong nhiều lĩnh vực như: thương mại, đầu tư, năng lượng, thủy sản, du lịch, nông nghiệp, giao thông vận tải, giáo dục và đào tạo, y tế.. Hai bên đã ký Biên bản kỳ họp và nhấn mạnh vai trò quan trọng của các lĩnh vực hợp tác song phương trong việc đưa ra các biện pháp cụ thể để thúc đẩy hợp tác kinh tế, khoa học và kỹ thuật vì lợi ích của cả hai nước.

Tại kỳ họp này, Bộ trưởng Công Thương Việt Nam và Bộ trưởng Thương mại Indonesia đã ký Bản Ghi nhớ Hợp tác về Gạo và thống nhất kỳ họp tới. Được biết, kỳ họp lần thứ 6 Ủy ban Hợp tác Kinh tế - Văn hóa – Khoa học – Kỹ thuật hai nước sẽ được tổ chức tại Bali, Indonesia vào tháng 6 hoặc tháng 7/2010.